Im Jahr 2507 hat die Menschheit in einem anderen Sonnensystem auf mehreren Planeten Zuflucht gefunden. Mit einem brutalen Krieg hat eine mächtige Allianz die Einheit erzwungen. Doch die Crew des Raumschiffs Serenity beugt sich der Übermacht nicht. Als sie eine flüchtige Telepathin aufnimmt, die die dunkelsten Geheimnisse der Allianz kennt, beginnt der Kampf ihres Lebens.