Von der ägyptischen Wüste bis unter die polaren Eiskappen muss das Eliteteam um G.I. JOE bei dieser Mission reisen. Dabei werden die brandneuesten Spionage- und Militärgeräte eingesetzt, um den korrupten Waffenhändler Destro zu bekämpfen und der immer größer werdenden Bedrohung durch die geheime Cobra-Organisation Einhalt zu gebieten - bevor die Welt im Chaos versinkt.