Anfang des 21. Jahrhunderts ist die Umbrella Corporation das größte Industrieunternehmen der USA. Der mächtige Konzern hat großen finanziellen und politischen Einfluss in der Gesellschaft und gilt in der Öffentlichkeit als führender Anbieter von Computertechnologie, Biotechnologie und Arzneimitteln. Unbemerkt von der Öffentlichkeit erzielt das Unternehmen jedoch seine riesigen Gewinne in den Bereichen Rüstungstechnologie, biologische Waffen und Genmanipulation.
In einem geheimen Forschungslabor, genannt Hive (engl. wörtlich: Bienenstock), arbeiten rund 500 Mitarbeiter abgeschottet unter der Erde. Dort entwickelten sie das sogenannte T-Virus, welches in der Lage ist, tote Zellen wiederzubeleben. Ein Unbekannter stiehlt Proben vom T-Virus und von dessen Gegenmittel. Um anschließend alle Spuren zu verwischen, setzt er das Virus im Labor frei. Dieses entweicht über das Belüftungssystem in den gesamten Laborkomplex. Der mit künstlicher Intelligenz ausgestattete Zentralcomputer, genannt Red Queen, bemerkt diesen Zwischenfall wenig später, verschließt daraufhin alle Türen und tötet alle Menschen innerhalb des Komplexes durch Flutung der Räume sowie einströmendes Halon-Gas, um zu verhindern, dass Menschen und somit das T-Virus aus dem Komplex entweichen können.
In einer Villa in der Nähe der Stadt Raccoon City erwacht eine junge Frau – Alice – aus einer Bewusstlosigkeit und kann sich vorerst an nichts mehr erinnern. Ein Mann – Matt Addison – taucht auf, kurz darauf stürmt ein bewaffnetes Team die Villa und nimmt beide durch einen versteckten Zugang zu einem unterirdischen Zug mit. Dort finden sie eine weitere bewusstlose Person – Spence –, der scheinbar der Ehemann von Alice ist. Als auch dieser zu sich kommt, erfahren sie, dass die Villa der getarnte Noteingang zum Hive ist, Alice und Spence als Sicherheitskräfte der Umbrella Corporation den Eingang beschützen sollten und ihre Ehe lediglich Tarnung ist. Ihr Gedächtnisverlust ist die Auswirkung eines Nervengases, welches durch Aktivierung des Sicherheitssystems der Red Queen versprüht wurde. Der Zug unterhalb der Villa führt zum Hive, der direkt unterhalb der Stadt Raccoon City liegt. Das Team hat die Aufgabe, den scheinbar außer Kontrolle geratenen Zentralcomputer Red Queen abzuschalten.