Nachdem Alice und ihre Klone wie am Ende des letzten Teils angekündigt, das Hauptquartier von Umbrella in Tokio erobert haben, flieht der mittlerweile selber mit dem T-Virus infizierte Albert Wesker mit einem Flugzeug aus der Basis. Er aktiviert per Funk einen Selbstzerstörungsmechanismus und vernichtet das Hauptquartier und dabei auch halb Tokio. An Bord des Flugzeuges befindet sich auch die echte Alice. Wesker kann sie überrumpeln, heilt sie vom T-Virus (wofür sich Alice bedankt, da sie nun wieder menschlich wird) und nimmt ihr damit alle außergewöhnlichen Fähigkeiten. Im sich daraufhin entwickelnden Zweikampf gerät das Flugzeug außer Kontrolle und stürzt ab.