Peter Parker lebt seit seiner frühen Kindheit bei seiner Tante May und seinem Onkel Ben, nachdem seine Eltern ihn dort mitten in der Nacht abgegeben hatten, bevor sie kurz danach eines mysteriösen Todes starben. Der wissenschaftlich sehr begabte Schüler und Amateur-Fotograf findet im Keller zufällig die Tasche seines Vaters und darin ein Foto, dass diesen mit einem Wissenschaftler zeigt, dem ein Arm fehlt.
Erst zögerlich erzählt ihm sein Onkel, das es sich bei dem Wissenschaftler um Dr. Connors handelt, der im Oscorp-Gebäude danach forscht, die menschliche Reproduktion zu ermöglichen, mit denen Eidechsen ihre Gliedmassen wiederherstellen können. Peter, der eine geheime Forschungsakte in der Tasche seines Vaters fand, beschliesst, ihn aufzusuchen. Er schliesst sich unter falschem Namen einer Gruppe von Studenten an, trifft dabei aber ausgerechnet auf Gwen Stacy, die mit ihm auf die Schule geht und in die er heimlich verliebt ist. Da sie ihn nicht verrät, nutzt er die Gelegenheit in ein weiteres Forschungslabor einzudringen, das über das selbe Signum wie die Akte seines Vaters verfügt, und gerät in einen Raum mit mutierten Spinnen ...