Der junge portugiesische Jesuitenpriester Sebastião Rodrigues wird 1638 gemeinsam mit seinem Begleiter Bruder Francisco Garrpe nach Japan geschickt wird. Dort sollen sie dem Gerücht nachgehen, dass ihr Mentor Cristóvão Ferreira seinen christlichen Glauben widerrufen hat.
In Japan angekommen, müssen sie feststellen, dass die Christen dort einer furchtbaren Verfolgung ausgesetzt sind. Die Regierung versucht nach der Shimabara-Rebellion das Land mit aller Härte von westlichen Einflüssen zu befreien und abzuschotten. Überführte Missionare und Christen werden grauenvoll hingerichtet. Als Test haben sich die Japaner ein bizarres Ritual ersonnen: Verdächtige müssen auf am Boden liegenden Abbildern von Jesus Christus herumtrampeln. Weigern sie sich, so sind sie überführt und des Todes. Folgen sie der Aufforderung, ist ihr Glaube geschändet und zerstört.