Kurz vor der Explosion der Erde am Ende des zweiten Teils, verlassen Cornelius, Zira und Milo, die letzten drei Affen mit dem Raumschiff und kehren durch die Zeit zurück, wo sie sich auf der Erde der gleichen Situation ausgesetzt sehen, wie damals Taylor bei ihnen. Zuerst freundlich empfangen, bestaunt und gefeiert, ändert sich die Meinung der Öffentlichkeit, als herauskommt, daß Zira als Doktor Menschen seziert hat. Plötzlich müssen die Affen flüchten, kommen jedoch bei einem Zirkus unter. Doch Zira ist schwanger und die Verfolger unerbittlich ...