Die von Trinity, Neo und Morpheus angeführte Widerstandsgruppe der Menschen kommt ihrem Ziel - der Befreiung der Menschheit von der Maschinenherrschaft – langsam etwas näher: Viele Menschen konnten bisher aus der Matrix geweckt werden und suchen jetzt ein Leben in der wirklichen Welt. Dem letzten, tief im Inneren der Erde verborgenem Zufluchtsort der Menschen Zion steht nun allerdings ein großer Angriff der Maschinen kurz bevor. Trotz neuen Erkenntnissen über die Beschaffenheit der Matrix sowie Neos schicksalhafter Schlüsselrolle bleibt Morpheus und seinen Verbündeten nicht viel Zeit, um das Schicksal der Menschheit zu wenden ...