Wir schreiben das Jahr 1963, das Jahr, in dem der "Heiße Draht" zwischen den USA und der Sowjetunion eingerichtet werden sollte. Die einsame, stumme Elisa (Sally Hawkins) arbeitet für ein strenggeheimes Regierungslabor, wo sie eines Tages mit ihrer Kollegin Zelda (Octavia Spencer) ein Experiment in Form einer Kreatur entdeckt: In einem Tank haust mehr als er lebt ein Amphibien-Mann (Doug Jones). Elisa entwickelt nach anfänglicher Abscheu vor dem Fremden Neugier - und letztlich weiter gehende Sympathie, die in Gegenseitigkeit wächst. Mithilfe ihres hilfsbereiten Nachbarn (Richard Jenkins) befreit Elisa den Wassermann. Das Militär sieht in ihm nur eine potentielle Waffe im Kalten Krieg und verfolgt sie gnadenlos. Die Liebe zweier Geschöpfe aus verschiedenen Welten hat unter diesen Bedingungen in keinem der Elemente Platz.