Um 1870 bricht der desillusionierte Kriegsveteran Captain Nathan Algren (Tom Cruise) nach Japan auf. Dort soll er als Militärberater der japanischen Armee den Umgang mit modernen Feuerwaffen beibringen. Die Aufgabe des neuen Militärs ist es, den Aufstand der traditionsbewussten Samurai niederzustrecken. Als es zu einem Gefecht zwischen dem Militär und den Samurai kommt, tötet Algren einen Samurai, wird jedoch von ihnen gefangen genommen. Isoliert von der Zivilisation freundet sich Algren mit dem Samuraiführer Katsumoto (Ken Watanabe) an und lernt die traditionelle Lebensweise und Kultur der Samurai zu schätzen. Doch die Regierung hat weiterhin vor, den Aufstand niederzuschlagen und es kommt der Zeitpunkt, an dem die finale Schlacht zwischen den Aufständischen und dem Militär unabwendbar ist.