Nach den verheerenden bisherigen Ereignissen haben sich die Fronten verhärtet. Ein Krieg zwischen Affen und Menschen um die Herrschaft über die Erde scheint unabwendbar.
Caesar, Anführer der Affen, steckt dabei in einem Dilemma. Da er in seinem Leben beide Welten kennengelernt hat, ist er zwischen diesen hin- und hergerissen. An einer friedliche Koexistenz scheinen beide Seiten jedoch nicht sonderlich interessiert. Allen voran der Colonel, Chef einer Spezialeinheit der Menschen, will Caesar um jeden Preis tot sehen. Als dies in einem Anschlag auf das geheime Versteck der Affen gipfelt, gärt auch in Caesar das Bedürfnis nach Rache.
Gemeinsam mit Rocket und einigen Getreuen macht er sich auf die Suche nach dem Colonel, fest entschlossen keine Gnade mehr walten zu lassen.