April O’Neil, eine Reporterin für Banales in der Redaktion von Channel 6, fühlt sich zu höherem berufen und recherchiert eigenhändig zu den terroristischen Truppen des sogenannten „Foot Clans“, die New Yorks Straßen zunehmend unsicher machen. Dabei wird sie eines Nachts Zeugin davon, wie ein Raubzug des Clans im Hafen durch einen unbekannten Angreifer vereitelt wird, der ein japanisches Schriftzeichen an einem der Container zurücklässt. In der Redaktion wird sie verlacht, weshalb sie sich allein auf die Suche nach den Hintergründen des Rächers begibt.

Während die Bedrohung durch den Clan für New York immer gefährlicher wird, verspricht der Millionär und Industrielle Eric Sacks die Krise zu beenden. Er arbeitete früher mit Aprils Vater in einem Labor am Projekt Renaissance, wo April beide häufig besuchte. Die Laborratte und vier Schnappschildkröten, an denen Gen-Experimente durchgeführt wurden, taufte sie dabei auf Splinter, die Ratte, sowie Leonardo, Michelangelo, Donatello und Raphael. Und eben diese mittlerweile menschengroßen Schildkröten stellt sie nach einer weiteren vereitelten Terrorattacke des Foot Clans im Auftrag ihres Meisters Shredder, auf einem Dach. Offenbar haben sich die Vier unerlaubt aus der Kanalisation geschlichen, was ihnen nicht nur den Unmut ihres Meisters und Vaters Splinter einbringt, sondern auch die Aufmerksamkeit der Verbrecherorganisation auf sie lenkt, deren Aktionen die vier Brüder nachhaltig stören. Schnell gerät April dabei zwischen die Fronten …