“Das letzte Einhorn“ ist die Verfilmung des beliebten Buchs von Peter S. Beagle als Trickfilm. Ein Einhorn begibt sich auf eine gefahrvolle Reise, um seine verschollenen Artgenossen zu finden. Unterwegs begegnet es dem tollpatschigen Zauberer Schmendrik und der Köchin Molly Grue. Die drei gehen von nun an zusammen weiter und sie gelangen an das Schloss von König Haggard und dessen Sohn Prinz Lir. Um das Einhorn zu schützen und um hinter das Geheimnis der vermissten Einhörner zu kommen, verwandelt es Schmendrik in ein junges Mädchen. Er gibt vor, dass es sich um die Prinzessin Amalthea handelt, doch ein Einhorn kann nicht im Körper eines Menschen leben, ohne etwas von sich selbst zu verlieren Auch König Haggard erkennt, dass Amalthea nicht das ist, was sie zu sein vorgibt und so beginnt ein Wettlauf mit der Zeit, um die Einhörner aus der Gefangenschaft bei König Haggard zu befreien und Amalthea zu retten.