Teenager Jacob Portman erhält die Nachricht, dass seine Großvater in Gefahr ist, findet jedoch nur das Haus in Trümmern vor. Seinem Großvater wurden die Augen heraus gerissen und er stirbt in Jakes Armen, fordert ihn jedoch auf, nach einem Waisenhaus zu suchen, in dem "besondere" Kinder mit geheimnisvollen Kräften unter der Anleitung der alterlosen Miss Peregrine leben. Als kleinem Jungen hatte sein Opa Jake immer wieder wundersame Geschichten darüber erzählt, doch all das war mit einer Kriegsneurose abgetan worden. Doch jetzt scheint eine Gefahr zu drohen und Jake macht sich auf die Suche - die ihn schließlich in Miss Peregrines Heim führt, für immer in einer Zeitschleife gefangen, durch die die Insassen den 3. September 1943 immer wieder neu gestalten dürfen.
Aber da sind noch die Hollows, gespenstische körperlose Wesen, die durch die gestohlenen Augen körperliche - und monströse - Gestalt annehmen können. Doch was ist mit Jakes eigener "Besonderheit"?