Agent J und Agent K ahnen noch nichts von dem Unheil, das sich gerade über ihren Köpfen zusammenbraut. Auf dem Mond gelingt Boris, the Animal, der Ausbruch. Der gefährliche Alien-Attentäter war vor 40 Jahren von Agent K verhaftet worden und hatte dabei seinen linken Arm verloren. Entsprechend führt ihn sein erster Weg nach New York, um sich zu rächen, aber J und K gelingt es, den Angriff abzuwehren.
Als J versucht, mehr über Boris herauszubekommen, muss er feststellen, das ihm der Zugang zu geheimen Informationen verwehrt wird. Auch von seiner neuen Chefin O erfährt er nichts. Nach einem kurzen Telefonat mit K, scheint der restliche Abend normal zu verlaufen, aber als J am nächsten Morgen wieder in die Zentrale der "Men in Black" kommt, wird er nicht nur von einem Typen belästigt, bei dem es sich um seinen Partner handeln soll, sondern K ist Niemandem mehr bekannt. Von O erfährt er, das K vor 40 Jahren gestorben wäre ...