Bei einer Exkursion der Enterprise auf einen fremden Planeten kommt Captain James T. Kirk in einen Gewissenskonflikt. Um zu verhindern, dass die dort lebenden Ureinwohner durch einen Vulkan ausgelöscht werden, versuchen er und seine Männer den Ausbruch rechtzeitig zu stoppen. Dafür landet der 1. Offizier Mr. Spock mitten in der Lava, um diese mit einem speziellen Gerät zu versteinern. Doch die Hitze setzt ihm trotz seines Anzugs so stark zu, dass er nicht mehr selbstständig zur Enterprise zurückkehren kann. Gegen seinen Willen rettet ihn Kirk, indem er mit der Enterprise auftaucht und in an Bord beamt. Damit hatte er gegen die Vorschriften der Raumfahrtbehörde verstoßen, die jede Einmischung in das Leben anderer Kulturen untersagt, weshalb das Raumschiff von keinem der Ureinwohner hätte gesehen werden dürfen.
Als Kirk und Spock nach ihrer Rückkehr zu Admiral Pike gerufen werden, rechnet Kirk noch mit dem Auftrag, fünf Jahre den Weltraum erkunden zu dürfen, doch stattdessen wird er degradiert und ihm die Enterprise weg genommen. Obwohl er Spock mit seiner Aktion das Leben gerettet hatte, hatte dieser die Vorgänge ehrlich protokolliert. Dank Pikes Fürsprache darf er wenigstens als 1. Offizier unter seinem Kommando auf der Enterprise dienen, aber die kommenden Ereignisse machen einen Strich durch diese Rechnung. Erst explodiert eine Bombe in einer wichtigen Weltraumbehörde und tötet viele Menschen, dann werden die Raumschiffkapitäne und ihre 1. Offiziere direkt angegriffen ...