In einer apokalyptischen Zukunft werden Mutanten und Menschen, die ihnen helfen, von Regierungstruppen versklavt und bekämpft. Obwohl früheren Kontrahenten Professor X und Magneto mittlerweile kooperieren, können sie und die Mutanten-Rebellen den Sentinels genannten Robotern der Regierung wenig entgegensetzen: Diese können die Fähigkeiten von Mutanten absorbieren und gegen sie einsetzen. Da das Programm in großem Stil finanziert wurde, nachdem Mystique den Sentinel-Erfinder Dr. Bolivar Trask 1973 erschoss, kann nur eine Zeitreise die verhängnisvollen Ereignisse aufhalten. Doch niemand außer Wolverine ist in der Lage die Strapazen zu überstehen. Von Kitty Pryde wird sein Bewusstsein in seinen Körper des Jahres 1973 geschickt, wo er Mystique finden muss und dafür sowohl die Hilfe des jungen Professor X, Charles Xavier, als auch die des jungen Magneto, Erik Lehnsherr, benötigt ...