Jake Pentecost hat seinen Vater Stacker beim ersten Angriff der Kaiju genannten riesigen Monster verloren, die vor Jahren dem Ozean entstiegen. Während der Vater zur Legende geworden ist, hat der Sohn jedoch nach abgebrochener Ausbildung eine eher kriminelle Laufbahn eingeschlagen.
Doch als ein neuer Angriff der Kaiju die Welt erschüttert, erhält Jake die Möglichkeit, das Vermächtnis seines Vaters doch noch auf sich zu nehmen: Er wird neben anderen Neulingen wie Lambert und der jungen Hackerin Amara zum Jaeger-Pilot ausgebildet. Außerdem stehen alte Bekannte wie Mako Mori und die Wissenschaftler Geiszler und Gottlieb der Abwehr-Gruppe namens Pan Pacific Defense Corps zur Seite, um die Menschheit zu retten.