Wie die Geschichte ausgeht, wissen wir bereits, denn Planet der Affen: Prevolution erzählt uns die Vorgeschichte zum Science Fiction-Klassiker Planet der Affen, in dem zwei Astronauten auf einem vermeintlich fremden Planeten landen, der von einer intelligenten Affenart besiedelt wird.
Doch Planet der Affen: Prevolution führt uns in keine ferne Zukunft und auch nicht durch ein Loch im Raum-Zeit-Gefüge, sondern in das Amerika unserer Gegenwart. Hier erforscht der junge Wissenschaftler Will Rodman (James Franco) und sein Vater (John Lithgow) moderne Heilmittel. Als sie eines Tages ein besonders vielversprechendes Medikament an ihrem Laboraffen Caesar (Andy Serkis) testen, stellen sie fest, das es eine wirklich erstaunliche Wirkung auf den harmlosen Primaten hat – jedoch nicht die, welche sie ursprünglich erwartet hatten…