Die Prometheus unter der Leitung von Meredith Vickers und der Betreuung durch Cyborg David hat ihren Zielort erreicht. Vor ihr liegt der einzig lebensfähige Planet des Sternensystems, welche bei archälogischen Ausgrabungen und Expeditionen auf der Erde wiederkehrend auf Steintafeln und Höhlenmalereien unterschiedlichster Kulturen entdeckt werden konnte. Mit an Bord der Prometheus befinden sich die Forscher Elizabeth Shaw und Charlie Holloway, dener der aktuellste Fund in den Highlands von Schottland gelang. Beide setzen große Hoffnungen in ihre Theorie, den Ursprung der Menschheit hier im Weltraum zu finden.
Schon bei der Landung entdeckt die insgesamt 17 köpfige Besatzung Strukturen auf dem Planeten, die unmöglich natürlicher Herkunft sein können. In geradliniger Anordnung reihen sich mehrere Pyramidenartige Erhebungen aneinander.
Bei einer ersten Erkundung stellen sich diese als Eingang in ein Höhlensystem heraus, welches Tief in den Untergrund führt. Bei Weiterem Vordringen findet das Forscherteam vor einem Portal den Leichnam einer unbekannten Spezies. Als David herausfindet, wie sich die Tür öffnen lässt, ahnt das Team noch nicht, dass nicht der Ursprung, sondern der Untergang dahinter schlummert.