Vier Jahre sind seit dem Isla Nublar-Vorfall vergangen, bei dem der dort angelegte Park von Dinosauriern verwüstet und vier Menschen getötet wurden. In der Anlage B genannten, ehemaligen Zucht- und Produktionsstätte auf der nahegelegenen Insel Isla Sorna haben jedoch mehrere Dinosaurier überlebt, die nach dem Ende des Jurassic-Park-Projektes frei und ohne Zäune in ihrem Ökosystem leben.
Jurassic-Park-Schöpfer John Hammond sieht darin eine gewisse Chance, sein Gewissen zu erleichtern: Er beabsichtigt deshalb eine Gruppe Forscher nach Isla Sorna zu senden, die dort das natürliche Leben der Dinosaurier dokumentieren und der Welt offenbaren sollen, dass diese auch ein Recht auf artgerechtes Leben haben. Hammonds Neffe Peter Ludlow, der die Führung über Hammonds Biotechnologie-Firma InGen übernommen hat, plant gleichzeitig, Dinosaurier auf der Insel einzufangen und in einen neuen Jurassic Park in San Diego zu überführen.