Die Story von Avatar dreht sich um einen Konflikt zwischen der einheimischen Rasse auf dem Planeten Pandora und der Menschheit.
Der Soldat Jake Sully (Sam Worthington) hat schon lange nichts mehr, wofür es sich zu kämpfen lohnt und hat nach einem Unfall die Fähigkeit verloren, seine Beine zu bewegen. Da bietet sich ihm die Möglichkeit, zum Planeten Pandora zu reisen. Dort hat die Menschheit ein neues Mineral entdeckt, welches die Lösung für die Energieprobleme der Erde sein könnte. Doch Pandora ist für Menschen ein ungastlicher Ort, zwar wunderschön, doch die Luft ist giftig. Auch die reichhaltige Fauna und Flora ist faszinierend, aber ebenso tödlich. Und dann sind da noch die Eingeborenen, die Na'vi, die gar nicht erfreut sind über die Menschen und deren Maschinen. Um die Minenarbeiter besser schützen zu können, werden Avatare geschaffen, Wesen, die aus Genmaterial von Menschen und Na'vi bestehen und jeweils durch einen Menschen gesteuert werden. Eines Tages geschieht ein folgenschwerer Zwischenfall...