Origin Unknown folgt der Expertin Mackenzie Wilson, die auf dem Mars ein mysteriöses Objekt untersucht, dessen Ursprung unbekannt ist. Als sie dem Geheimnis mithilfe einer künstlichen Intelligenz namens A.R.T.I. näherkommt, merkt sie bald, dass etwas viel Größeres im Spiel ist. Schon einige Jahre zuvor hatte eine vielversprechende Mission zum Mars stattgefunden - diese endete jedoch in einer Katastrophe.