In Mark Felt wird der Watergate-Skandal aus einer neuen Perspektive beleuchtet. Diesmal stehen nicht die Washington-Post-Journalisten Bob Woodward und Carl Bernstein, die mit ihren Entdeckungen Anfang der 1970er den damaligen US-Präsidenten Richard Nixon zum Rücktritt zwangen, im Mittelpunkt, sondern ihr Informant, der FBI-Agent Mark Felt. Als anonyme Quelle gab er unter dem Decknamen Deep Throat interne Informationen an die Reporter weiter. 
Damit bringt er allerdings nicht nur sich, sondern auch seine Familie, also seine Ehefrau Audrey und seine Tochter Joan, in Gefahr, als FBI-Kollege Charlie Bates ihm auf die Schliche kommt.