Agent J hat sich nach fünf Jahren bei den Men in Black, der Kontrollbehörde für außerirdische Aktivitäten in New York, zum Top-Agenten hochgearbeitet. Doch auf einmal taucht Serleena auf, ein bösartiges kylothisches Monster in Gestalt eines Unterwäschemodels. Sie sucht das „Licht von Zartha“. Vor 25 Jahren brachten es die Zarthaner auf die Erde, die MiB (Men in Black) konnten es aber aus diplomatischen Gründen nicht behalten. Darum schickten sie es scheinbar wieder fort. Sie haben es jedoch auf der Erde versteckt.
Das Licht ist so mächtig, dass es jedem Besitzer die vollkommene Herrschaft über den Planeten Zartha ermöglicht. Als Jay sich auf die Jagd nach Serleena und dem Licht macht, erfährt er, welcher Agent damals mit der Angelegenheit betraut war: sein alter Partner Kay (Agent K). Dieser wurde aber neutralisiert, seine Erinnerungen an die MiB gelöscht, und er ist nun Oberpostmeister von Massachusetts und trägt den Namen Kevin Brown. Jay muss ihm erklären, dass er der einzige ist, der diesen Planeten retten kann. Denn fällt das Licht in die Hände von Serleena, wird sie Zartha zerstören. Bleibt es aber bis Mitternacht auf der Erde, wird diese zerstört. Doch selbst als Kays Gedächtnis mit einem Deneuralisator wieder zurückgeholt worden ist, erinnert er sich noch nicht an das Licht von Zartha.