Es gibt zwei Realitäten: eine, die wir jeden Tag sehen und eine andere, die dahinter liegt. In Matrix muss sich Keanu Reeves entscheiden, welche die richtige ist: Thomas A. Anderson (Reeves) arbeitet als Programmierer und führt nebenbei unter dem Pseudonym Neo Jobs als professioneller Hacker aus. Immer wieder beschleicht ihn das Gefühl, dass etwas Unvorstellbares und Geheimnisvolles sein Leben lenkt. Das Gefühl wird zur Gewissheit als die Hackerin Trinity ihm den mächtigen Anführer einer Untergrundorganisation Morpheus (Laurence Fishburne) vorstellt. Morpheus bietet Neo die Möglichkeit eine Wahrheit kennenzulernen, welche die Grenzen seiner Fantasie überschreitet. Neo wird zum Grenzgänger und aus seinem alten Leben, der Matrix, befreit.
Er erwacht in einer für ihn bis dahin unvorstellbaren Realität: Die Entwicklung der künstlichen Intelligenz ist aus dem Ruder gelaufen. Maschinen haben die Weltherrschaft übernommen und die Menschheit unterworfen. Normalen Menschen wird in ihrem Leben nur eine Scheinrealität vorgespielt. Tatsächlich werden sie von intelligenten Maschinen in riesigen Zuchtanlagen gehalten und dort als lebende Energiequellen missbraucht. Ihre physischen Hüllen sind an eine komplexe Computersimulation, die Matrix, angeschlossen. Die Simulation halten die Menschen für das echte Leben. Nur in der unterirdischen Stadt Zion leben einige wenige Menschen, die sich aus der Matrix befreien konnten. Als Neo zu ihnen stößt, erkennen sie in ihm den Auserwählten, der den bevorstehenden Kampf gegen die übermächtige Maschinerie anführen soll…