Der Film setzt dort ein, wo der erste Teil aufgehört hat: Alice erwacht in einem Forschungslabor der Umbrella Corporation, in dem sie mit Drogen ruhiggestellt wurde. Sie findet bald heraus, dass sie mit dem T-Virus infiziert ist – dem Virus, das Lebewesen normalerweise zu Zombies mutieren lässt. Bei ihr hat das Virus diese verheerende Auswirkung nicht; ganz im Gegenteil, es hat sie stärker und schneller werden lassen und ihre Sinne geschärft, was sie zu einer unaufhaltsamen Killermaschine – jedoch mit ihrem eigenen freien Willen – macht.
In der Zwischenzeit ist der Hive unvorsichtigerweise von Angestellten von Umbrella geöffnet worden. Als Resultat verbreiten sich das T-Virus und die Zombieplage in ganz Raccoon City. Umbrella verbarrikadiert die Stadt und bereitet eine Evakuierung vor, doch nachdem festgestellt worden ist, dass das Virus sich zu schnell ausbreitet, wird die Stadt vollends abgeriegelt und die überlebenden Bewohner ihrem Schicksal überlassen. Damit die Sache mit dem T-Virus nicht publik wird, plant Umbrella, die Stadt mit einem gezielten Atomschlag zu vernichten, um alle Spuren auszulöschen. Für die Zwischenzeit wird ein Mutantenmonster namens Nemesis auf die Stadt losgelassen, um seine Fähigkeiten in dieser extrem feindseligen Umgebung zu testen.