Ägypten im Jahr 391 nach Christus. Der Zerfall des römischen Reiches und der Aufstieg des Christentums zur Weltreligion steht bevor. Die Philosophin Hypatia (Rachel Weisz) lehrt an einer platonischen Akademie in Alexandria Astronomie und ist an einem Gesamtverständnis der Welt interessiert. Ihr Wissensdurst verschlingt ihr Privatleben, doch in der vornehmlich männlich dominierten Gesellschaft hat sich die kluge Frau ihren Platz erkämpft. Hypatias Sklave Davus verehrt seine Herrin und lauscht ihren Unterrichtsstunden aufmerksamer als mancher Schüler, doch aufgrund des Standesunterschiedes darf er seiner Liebe keinen Ausdruck verleihen. Die schwelenden Konflikte zwischen Christen und Heiden entwickeln sich bald zu einem erbittert geführten Kampf um die Vorherrschaft in Alexandria, dem ein Großteil des erworbenen Wissens zum Opfer fällt als die Bibliothek zerstört wird. Jahre später hat sich eine christliche Regierung etabliert und Hypatia gerät in den Verdacht der Ketzerei...