James Logan, besser bekannt als Wolverine, zieht seit dem Tod von Jean Grey durch seine Hand allein durch die Lande und hat sich geschworen nie wieder zu kämpfen. Yukio, die Adoptivenkelin des japanischen Großindustriellen Yashida, spürt ihn jedoch auf und bringt ihn nach Japan, wo ihr im Sterben liegender Großvater sich von Logan verabschieden will. Dieser rettete ihm beim Atombombenabwurf über Nagasaki das Leben.
In Japan angekommen muss Logan feststellen, dass Yashida sich nicht nur verabschieden will: Er bietet Logan an, dass er ihn sterblich machen könne und seine Heilkräfte via moderner Technik auf jemand anderen übertragen könne. Logan lehnt ab, Yashida stirbt noch in der Nacht. Doch als die darauf stattfindende Beerdigung von Yakuzas angegriffen wird und Logan einschreitet, merkt er, dass man ihm seine Regenerationskräfte dennoch genommen hat. Erneut muss Wolverine in den Kampf ziehen, um seine Kräfte wieder zu erlangen, die Schuldigen zu finden und Mariko, Yashidas leibliche Enkelin, vor den Verfolgern zu bewahren ...